A l’inverse de la logique scolaire classique qui est d’apprendre pour restituer des savoirs, les fondateurs des Maisons Familiales Rurales ont expérimenté une méthode pédagogique basée sur une démarche en deux temps : sur le terrain, le temps « de l’action et de la motivation » et à l’école, le temps « de la mise en commun et de la réflexion ». Ils ont ainsi créé une formule pédagogique bien connue aujourd’hui : l’alternance.
Mais le système pédagogique des Maisons Familiales Rurales ne se résume pas uniquement à la technique de l’alternance entre des séjours en entreprise et des séjours à l’école. Pour exprimer une réelle efficacité, ce système doit être complété par d’autres aspects qui s’imbriquent les uns dans les autres avec des effets de synergie :
Le formateur de Maison Familiale Rurale, appelé moniteur, a une fonction globale. Il joue un rôle de tuteur et d’animateur auprès de chaque jeune ou de chaque stagiaire. Il organise les relations entre la Maison Familiale, l’entreprise, la famille, l’élève. Il accompagne chacun dans son projet professionnel et personnel. Chaque association embauche les membres de son équipe. Les conditions de travail sont régies dans le cadre d’une convention collective nationale. Les nouveaux moniteurs et monitrices bénéficient d’une formation pédagogique en cours d’emploi, de deux années, qui aboutit à la délivrance d’un Certificat de moniteur de formations alternées. 80 % des moniteurs aujourd’hui en poste dans les Maisons Familiales Rurales sont titulaires de cette qualification pédagogique.
Les moniteurs doivent être obligatoirement titulaires des titres requis par la législation en vigueur pour enseigner.
Les Maisons Familiales Rurales ont créé un Centre National Pédagogique, situé à Chaingy près d’Orléans. Il est géré par l’Association nationale pour la formation et la recherche pour l’alternance (ANFRA), association paritaire entre les employeurs et les organisations représentatives des salariés. Le Centre assure la formation pédagogique initiale des moniteurs et leur formation continue. Il effectue des recherches sur l’alternance et produit des documents pédagogiques. Il est également un lieu de ressources documentaires (15 000 volumes en sciences de l’éducation).