La MFR est un établissement privé en contrat avec l’Etat, à ce titre elle est subventionnée. Cependant, la pension et une partie de la scolarité ne sont pas couvertes par cette aide de l’Etat. Les familles doivent donc contribuer financièrement au fonctionnement de la MFR.
Selon les MFR, le coût annuel pour un élève interne peut varier entre 1 500 € et 2 500 € selon le type de formation et le niveau.